Vərəm diaqnozu və dərman müqavimətinin aşkarlanması üçün yeni bir silah: Vərəm üçün maşın öyrənmə ilə birləşdirilmiş yeni bir nəsil hədəflənmiş ardıcıllıqla (TNGS)
Ədəbiyyat hesabatı: CCA: daha az bakterial vərəm və vərəmli meningit olan insanlar üçün uyğun olan tngs və maşın öyrənmə əsasında diaqnostik bir model.
Tezisin adı: Vərəmli hədəflənmiş Növbəti nəsil ardıcıllıq və maşın öyrənmə: Paucific ağciyər borular və boru meningiti üçün ultra həssas bir diaqnostik strategiya.
Dövri: "Clinica Chimica Acta"
Əgər: 6.5
Nəşr tarixi: 2024 yanvar
Çin Elmlər Akademiyası və Pekində Pekin Tibb Universitetinin Pekin Sinə Xəstəxanası ilə birlikdə, makro və mikro testi, ultra yüksək olan texnologiya və maşın öyrənmə üsulu (TNGS) texnologiyası və maşın öyrənmə metodu əsasında vərəm diaqnozu modeli quruldu Bir neçə bakteriya və vərəmli meningit ilə vərəm üçün aşkarlama həssaslığı, klinikanın yeni həssaslıq diaqnozu üsulu ilə təmin edilmişdir İki növ vərəm diaqnozu və dəqiq diaqnoz, dərman müqavimətinin aşkarlanmasına və vərəmin müalicəsinə kömək etdi. Eyni zamanda, xəstənin plazma cfdnasının TBM diaqnozunda klinik nümunə üçün uyğun bir nümunə növü kimi istifadə edilə biləcəyi aşkar edilir.
Bu işdə, 227 plazma nümunəsi və serebrospinal mayenin nümunələri, laboratoriya diaqnostik kohortum nümunələrinin vərəm diaqnozunun dəzgah tədris modelinin yaradılması üçün istifadə olunduğu və klinik diaqnostik kohort nümunələri qurulduğunu yoxlamaq üçün istifadə edilmişdir diaqnostik model. Bütün nümunələr əvvəlcə mycobacterium vərəm üçün xüsusi hazırlanmış hədəflənmiş ələ keçirmə zonu hovuzu tərəfindən hədəf alındı. Sonra, TB-TNGS-in məlumatlarına əsaslanaraq, qərar ağacı modeli laboratoriya diaqnostik növbəsinin təlim və doğrulama dəstləri haqqında 5 qatlı kəsişmə və plazma nümunələrinin diaqnostik həddi və serebrospinal maye nümunələri əldə edilir. Əldə olunan eşik, aşkarlanması üçün klinik diaqnoz növbəsinin iki test dəstinin iki test dəstinə gətirilir və şagirdin diaqnostik ifası ROC əyrisi tərəfindən qiymətləndirilir. Nəhayət, vərəm diaqnozu modeli əldə edildi.
Şəkil 1 Tədqiqat dizaynının sxematik diaqramı
Nəticələr: CSF DNA nümunəsi (AUC = 0.974) və bu işdə təyin olunan plazma CFDNA nümunəsi (AUC = 0.908), CSF nümunəsinin həssaslığı 97,01%, 95,65%, və Plazma nümunəsinin həssaslığı və spesifikliyi 82,61% və 86,36% təşkil etmişdir. TBM xəstələrindən olan plazma CFDNA və serebrospinal Maye DNT-nin 44 qoşalaşmış nümunəsi, bu araşdırmanın diaqnostik strategiyası plazma CFDNA və serebrospinal maye DNT-də 90.91% (40/44) və həssaslıq 95.45% -dir (42/44). Ağciyər vərəmli uşaqlarda bu araşdırmanın diaqnostik strategiyası, eyni xəstələrin mədə şirəsi nümunələrinin Xpertin aşkarlanması nəticələrindən daha çox plazma nümunələrinə daha həssasdır (28.57% vs 15.38%).
Şəkil 2 Əhali nümunələri üçün vərəm diaqnozu modelinin təhlili
Şəkil 3 qoşulmuş nümunələrin diaqnostik nəticələri
Nəticə: Bu araşdırmada həssas diaqnostik bir metod, oligobacillary vərəm (mənfi mədəniyyət) olan klinik xəstələr üçün ən yüksək aşkar həssaslığı olan diaqnostik bir vasitə təmin edə biləcək bir diaqnostik bir vasitə qurulmuşdur. Plazma CFDNA əsasında həssas bir vərəm aşkarlanması, aktiv vərəm və vərəmli meningit diaqnozu üçün uyğun bir nümunə növü ola bilər (plazma nümunələri beyin vərəmində şübhəli bilinən xəstələr üçün serebrospinal maye istifadə etmək daha asandır).
Orijinal link: https://www.sciedirect.com/science/article/pii/s000981230049904990? % 3dihub vasitəsilə
Makro və mikro test vərəm serialının aşkarlanması üçün qısa tətbiqi
Vərəm xəstələrinin və müxtəlif ehtiyacların mürəkkəb nümunə vəziyyəti, makro və mikro testi, mayeləşdirmə niyyətlərinin, Qualcomm kitabxanasının inşası və ardıcıllığı və sekvariasiya və məlumatların təhlili üçün NGS həlli üçün NGS həllərinin tam dəstini təqdim edir. Məhsullar vərəm xəstələrinin sürətli diaqnozunu əhatə edir, vərəm xəstəliyinin dərman müqavimətinin aşkarlanması, mycobacterium vərəm və NTM yazması, bakteriya-mənfi vərəm və tüberküllü insanlar və s.
Vərəm və mikobakteriya üçün seriya aşkarlama dəstləri:
| Xeyr | Məhsulun adı | Məhsul sınağı məzmunu | Nümunə növü | Tətbiq olunan model |
| HWTS-3012 | Nümunə buraxma agenti | Bükülmə nümunələrinin mayeləşdirilməsi müalicəsində istifadə edilən, birinci dərəcəli rekord nömrəsi, Sutong Maşın avadanlıqları 20230047 əldə etdi. | balacıq | |
| HWTS-NGS-P00021 | Həssas bir vərəm üçün Qualcomm Miqdarı aşkarlama dəsti (zond ələ keçirmə üsulu) | Bakteriya-mənfi ağciyər vərəm və beyin nodülləri üçün qeyri-invaziv (maye biopsiya) həssaslıq aşkarlanması; Vərəm və ya vərəm olmayan mycobacteria yoluxma şübhəli bilinən insanların nümunələri yüksək dərin ardıcıllıqla metagenomiklər və ya vərəm olmayan micobakteriyaların yoluxduğu və miCobacterium vərəminin əsas birinci sətir müqavimətinin açıqlaması barədə məlumatlar təmin edildi. | Periferik qan, alveolyarda olan maye, hidrotoraks və astsitlər, fokus ponksiyon nümunəsi, serebrospinal maye. | İkinci nəsil |
| HWTS-NGS-T001 | MyCobacterium yazma və dərman müqavimətinin aşkarlanması dəsti (multiplex amplicifikasiya ardıcıllığı metodu) | MKBC və 187 NTM də daxil olmaqla mycobacterium yazma testiAçıqMyCobacterium vərəminin dərman müqavimətinin aşkarlanması 13 dərman və narkotik müqavimətinin 16 əsas mutasiya sahələrini əhatə edir. | Bükülmə, alveolyarda olan maye, hidrotoraks və ascites, fokus ponksiyon nümunəsi, serebrospinal maye. | İkinci / Üçüncü Nəsil İkiqat Platforması |
Xülasələr: HWTS-NGS-T001 Mycobacterium yazma və dərman müqavimətinin aşkarlanması dəsti (multiplex gücləndirmə metodu)
Məhsul təqdimatı
Məhsul, NTM müalicə qaydalarında istifadə olunan makrolid və aminoglykozidlərin, makrolid və aminoglykozidlərin, dərman müqavimət saytlarında təsvir olunan əsas ilk və ikinci sətirli dərmanlara əsaslanır və dərman müqavimət sahələri bütün bir dərman müqavimətinə aid saytların bir qrupunu əhatə edir Kim mycobacterium vərəm mürəkkəb mutasiya kataloqu, eləcə də digər məlumatların istintaqı və statistikasına uyğun olaraq digər bildirilən dərman müqavimətləri genləri və mutasiya yerləri Evdə və xaricdə yüksək səviyyəli ədəbiyyat.
Yazma identifikasiyası, Çin vərəm və tənəffüs xəstəlikləri və ekspertlərin konsensusunun Çin jurnalı tərəfindən nəşr olunan NTM qaydalarında ümumiləşdirilmiş NTM suşlarına əsaslanır. Dizayn yazma astarları, 190-dan çox NTM-dən çox olan ardıcıllıqla, ardıcıllıqla və əlavə edə bilər.
Məqsədli multiplex PCR gücləndirmə texnologiyası ilə miCobacteriumun genotiping genləri və dərmanlara davamlı genləri multiplex pcl tərəfindən gücləndirildi və aşkar ediləcək hədəf genlərin amplicon birləşməsi alındı. Gücləndirilmiş məhsullar ikinci nəsil və ya üçüncü nəsil yüksək ötürmə ardıcıllıqla açılan kitabxanalara, bütün ikinci nəsil və üçüncü nəsil ardıcıllıq platformalarında hədəf genlərin ardıcıllıqla məlumatlarını əldə etmək üçün yüksək dərin ardıcıllıqla taxıla bilər. Daxili istinad verilənlər bazasında olan məlum mutasiyalarla müqayisə edərək (Mycobactium vərəm mürəkkəb mutasiya kataloqu və onun dərman müqaviməti ilə əlaqəsi daxil olmaqla), narkotik müqaviməti və ya tuberküloz dərmanların həssaslığı ilə əlaqəli mutasiyalar müəyyən edildi. Makro və mikro testin özünü açan bəlli nümunə müalicə həlli ilə birləşdirilmiş, klinik balqabaq nümunələrinin aşağı nuklein turşusu gücləndirilməsi problemi (ənənəvi metodlardan on qat yüksəkdir), buna görə dərman müqavimətinin ardıcıllıq aşkarlanması ola bilər birbaşa klinik bəlğəm nümunələrinə tətbiq olunur.
Məhsulun aşkarlanması aralığı
34Dərman müqavimətinə aid genlər18Vərəm əleyhinə dərmanlar və6NTM dərmanları aşkarlandı, örtüldü297dərman müqavimət yerləri; On növ mycobacterium vərəm və daha çox190NTM növləri aşkarlandı.
Cədvəl 1: 18 + 6 dərman + 190 + ntm haqqında məlumat
Məhsul üstünlüyü
Güclü Klinik Uyğunluq: Bulonum nümunələri mədəniyyət olmadan özünü-mayeləşdirmə agenti ilə birbaşa aşkar edilə bilər.
Təcrübə əməliyyatı sadədir: gücləndirmə əməliyyatının ilk turu sadədir və kitabxana inşası 3 saat ərzində iş səmərəliliyini yaxşılaşdıran 3 saat ərzində tamamlanır.
Hərtərəfli yazma və dərman müqaviməti: Klinik konsernin əsas məqamları, dəqiq yazma və dərman müqavimətinin aşkarlanması, müstəqil analiz proqramını dəstəkləyən və bir kliklə analizat hesabatları olan MTB və NTM-nin yazma və dərman müqavimət yerlərini əhatə edir.
Uyğunluq: MainStream ILM və MGI / ONT platformalarına uyğunlaşma, məhsul uyğunluğu.
Məhsulun spesifikasiyası
| Məhsul kodu | Məhsulun adı | Açıqlama platforması | xüsusiyyətlər |
| HWTS-NGS-T001 | Mycobacterium yazma və dərman müqavimətinin aşkarlanması dəsti (multiplex gücləndirmə metodu) | Ont, Illumina, MGI, Salus Pro | 16/96rxn |
Saat: Yanvar-23-2024